Продукти

Анализът на протеомните фосфорилиращи събития все още е голямо аналитично предизвикателство поради огромната сложност на протеиновите фосфорилиращи мрежи.В тази работа ние оценяваме комплементарността на Lys-N, Lys-C и трипсин по отношение на тяхната способност да допринасят за глобалния анализ на фосфопротеома.Усъвършенствана версия на силен катионен обмен с ниско рН беше използвана за ефективно разделяне на N-терминално ацетилирани, фосфорилирани и немодифицирани пептиди.Общо 5036 нередундантни фосфопептиди могат да бъдат идентифицирани с процент на фалшиво откриване от <1% от 1 mg протеин, като се използва комбинация от трите ензима.Нашите данни разкриха, че припокриването между наборите от фосфопептидни данни, генерирани с различни протеази, е незначително, докато припокриването между два подобно генерирани набора от триптични данни е поне 4 пъти по-високо.По този начин, паралелното използване на Lys-N и трипсин позволява 72% увеличение на броя на откритите фосфопептиди в сравнение с трипсин самостоятелно, докато експериментът с повторение на трипсин води само до 25% увеличение.По този начин, когато се фокусираме единствено върху данните за трипсин и Lys-N, ние идентифицирахме 4671 нередундантни фосфопептиди.Допълнителен анализ на откритите места показа, че наборите от данни за Lys-N и трипсин са обогатени със значително различни мотиви на фосфорилиране, което допълнително доказва, че мултипротеазните подходи са много ценни при анализите на фосфопротеоми.