Продукти

Наскоро съобщихме, че пиреновият нуклеотид е преференциално вмъкнат срещу абазично място, 3'-Т на тиминов димер и повечето неувредени бази от дрождева ДНК полимераза ета (pol ета).Тъй като пиренът е неполярна молекула без способност за Н-свързване, необичайно високата ефективност на вмъкването на dPMP се приписва на неговата превъзходна способност за натрупване на бази и подчертава важността на натрупването на бази при избора на нуклеотиди чрез pol eta.За да изследваме ролята на Н-свързването и геометрията на базовата двойка в селекцията на нуклеотиди чрез pol eta, ние определихме ефективността на вмъкване на базово модифицираните нуклеотиди 2,6-диаминопурин, 2-аминопурин, 6-хлоропурин и инозин, които биха направете различен брой Н-връзки с основата на шаблона в зависимост от геометрията на базовата двойка.Базовото сдвояване на Watson-Crick изглежда играе важна роля при избора на нуклеотидни аналози за вмъкване срещу C и T, както се вижда от намаляването на относителната ефективност на вмъкване с намаляване на броя на H-връзките на Watson-Crick и увеличаване на броя на взаимодействията донор-донор и акцептор-акцептор.Селективността на нуклеотидното вмъкване е по-голяма срещу 5'-Т, отколкото 3'-Т на тиминовия димер, в съответствие с предишна работа, предполагаща, че 5'-Т се държи по-твърдо от 3'-Т.Освен това, вмъкването на A срещу двата Ts на димера изглежда се медиира от базовото сдвояване на Watson-Crick, а не от базовото сдвояване на Hoogsteen въз основа на почти идентичната ефективност на вмъкване на A и 7-deaza-A, последният от които няма H- способност за свързване при N7.Относителната ефективност за вмъкване на нуклеотиди, които могат да образуват базови двойки на Watson-Crick, е успоредна на тази за фрагмента Klenow, докато фрагментът Klenow по-силно дискриминира несъответствията, в съответствие с по-голямата си селективност на формата.Тези резултати подчертават важността на Н-свързването и геометрията на базовите двойки на Watson-Crick при селекцията на нуклеотиди както от pol eta, така и от Klen ow фрагмента, както и по-малката роля на избора на форма при вмъкване от pol eta поради по-отворената и по-малко ограничен активен сайт.